Die Besiedlung des Raumes zwischen Stralsund und Barth erfolgte in den einzelnen Dörfern annähernd zur gleichen Zeit. Bereits in der jüngeren Steinzeit, ca. 3000 v.Chr. sind hier Ackerbauern und Viehzüchter nachweisbar. Im Bodendenkmalsamt Schwerin sind Dokumente über ca. 70 Fundstellen frühgeschichtlicher Zeugnisse aus dem Raum Niepars registriert. Die Mehrzahl dieser Funde wurde von Bodendenkmalpfleger Frank Heß aus Günz erforscht. Sie reichen von der Jungsteinzeit über die Bronze- und Eisenzeit bis in die römische Kaiserzeit.

Erklärt wird diese Häufung mit den leichten Böden im Raum Niepars, die auch mit bescheidenen Ackergeräten bearbeitet werden konnten. Dagegen sind diese frühgeschichtlichen Funde etwa in Obermützkow oder in Groß Kordshagen mit den schwerer zu bearbeitenden Bodenformationen weit aus seltener oder gar nicht vorhanden.

So wurden 1500 m südöstlich der Kirche in einer Kiesgrube aus der Jungsteinzeit (hinter dem neuen Wohngebiet) 19 Steinbeile, 1 Meißel, 4 Lanzenspitzen, Pfeilspitzen, 4 Steinmesser, 10 Schaber und 2 Mahlsteine geborgen.

Ebenfalls südöstlich der Kirche wurde eine bronzezeitliche Urne mit Deckelschale und Leichenbrand entdeckt, die 2 Feuersteine enthielt.

Im Raum Zansebuhr wurden hartgebrannte slawische Scherben, Tierknochen mit Bearbeitungsspuren, frühdeutsche Scherben, Löffelschaber, bohrerähnliche Geräte und eine größere Kollektion jungslawischer Scherben und Keramik entdeckt.

Beim Gasleitungsbau 1994 wurde aus dem Füllboden, der aus den Sandgruben im Nieparser Bereich abgebaut wurde, eine römische Münze gefunden. Es handelt sich um einen Centenionalis der Zeit Constantin I., der Große (Flavius Valerius Constantinus I. Maximus (geb. 274, gest. 337).

Es kann abgeleitet werden, dass aus den neolithischen, den vorgeschichtlichen slawischen und deutschen Funden, bereits eine frühgeschichtliche Besiedlung im Raum Niepars stattgefunden hat.

Germanische Stämme waren hier wohl zeitweise sesshaft, verließen aber im 5. und 6. Jahrhundert die Gegend. Im 7. Jh. wanderten Slawen ein, die das Gebiet in Besitz nahmen, Wälder rodeten und Ackerbau betrieben. Nach der Zerschlagung des letzten Slawensitzes auf Rügen (Arkona) wurde mit der Christianisierung ein neues Zeitalter eingeleitet.

Bis 1278 steht im Stralsunder Stadtbuch auch der Name Thidemann Niperitz. Daraus kann man vermuten, dass unser Ortsname auf eine Person zurückgeht.

Die erste urkundliche Erwähnung von Niepars geht auf das Jahr 1282 zurück, wie uns „Das älteste Stralsunder Stadtbuch – Verfestungen“ überliefert:

„Johannes tötete (ermordete) am späten Abend einen gewissen Slawen von Nipritz, wahrscheinlich wegen anderer Meinung, und wurde deshalb von den Richtern verfestet(verhaftet) am 6. Tag nach Egidius“ Dieser Eintrag erfolgte am 4.September1282.

An dieser Stelle ist es angebracht, die Zugehörigkeit Pommerns von 1648-1815 zu Schweden näher zu erläutern. Pommern kommt im Zuge des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) durch den „Westfälischen Frieden“ von (1648) an Schweden und wird durch einen Stadthalter verwaltet, der vom schwedischen König ernannt wurde. Das höchste Gericht der schwedischen Gebiete auf dem Kontinent war ab 1653 das Obertribunal mit Sitz in Wismar. Die Zugehörigkeit zu Schweden hatte allerdings einen Nachteil. Sobald Schweden auf dem Kontinent in Kriege verwickelt wurde, wurde auch Pommern in Mitleidenschaft gezogen. Zweimal, im Jahr 1678 im Holländischen Krieg und im Jahr 1715 nach dem Großen Nordischen Krieg, waren die Schweden gezwungen, Vorpommern vorübergehend zu räumen. In den anschließenden Friedensverträgen gingen Teile der Provinz an Brandenburg verloren: im Frieden von Saint-Germain (1679) die meisten Gebiete östlich der Oder und 1720 im Frieden von Stockholm das ganze Land südlich der Peene. Seit 1720 bestand Schwedisch-Pommern also nur noch aus Rügen und dem vorpommerschen Gebiet nördlich der Peene. 

Im Zuge der Auflösung des Alten Reichs 1806 änderte sich auch die verfassungsrechtliche Stellung Schwedisch-Pommerns. Da sich die Landstände weigerten, einer vom schwedischen König Gustav IV. Adolf geforderten Aufstellung einer Landwehr zuzustimmen, hob dieser am 26. Juni 1806 die bisherige landständige Verfassung und die Zugehörigkeit Schwedisch-Pommerns zum Reich auf. Damit scherte dieses Territorium noch vor der Bildung des Rheinbundes und der Niederlegung der Kaiserkrone durch Franz II. aus dem Reichsverband aus. Die auf dem Greifswalder Landtag vom August 1806 geplante Einführung der schwedischen Verfassung und zahlreiche Reformen im Rechtssystem, u.a. Aufhebung der Leibeigenschaft, und in der Verwaltung kamen wegen der im Juli erfolgenden französischen Besetzung nicht oder nur mit erheblicher Verzögerung zustande.

Während der Napoleonischen Kriege, von 1807-1809 wurde Pommern von Frankreich besetzt. 1815 fällt Pommern an Preußen.

Anfang der 30er Jahre des vergangenen Jahrhunderts war Niepars der Hauptwohnort der Gemeinde Niepars. Daneben gab es noch zwei andere Wohnorte, Duvendiek und Groß Zansebuhr. Die Gemeinde gehörte zum Kreis Franzburg-Barth in der Provinz Pommern.

Ab 1945 gehörte Niepars zum Kreis Stralsund im Land Mecklenburg-Vorpommern und später im Bezirk Rostock der DDR.

Am 3. Oktober 1990 kam der Kreis (Landkreis) als Landkreis Nordvorpommern in das neu gegründete Land Mecklenburg-Vorpommern der Bundesrepublik Deutschland.

Seit der Kreisgebietsreform 2011 gehört Niepars zum Landkreis Vorpommern-Rügen.

Die Gemeinde Niepars mit ihren Ortsteilen: Niepars, Duvendiek, Zansebuhr, Martensdorf und Obermützkow liegt ca. 10 km westlich von Stralsund. Die Bundesstraße 105 und die Bahnlinie Stralsund-Rostock führen direkt durch das Gemeindegebiet. Die Gemeinde erstreckt sich über ein Gebiet von rund 36 qkm.

Niepars ist seit 1992 Sitz des Amtes Niepars (Verwaltungsstandort).